中国民用航空总医院隶属于中国民用航空总局，前身为民航北京医院，创建于1974年4月，1996年升级为中国民用航空总医院，同时成为北京医科大学（现为北京大学医学部）临床教学医院。2000年被北京市卫生局评为三级合格医院，并成为北京市首批基本医疗保险定点医疗机构。

民航总医院是一所集医、教、研为一体、具有航空医学特色的、不断发展、富有朝气的现代化综合医院，不仅承担民航系统干部职工的医疗、保健、健康检查和航空疾病的研究工作，同时也积极承担北京市企事业单位和周边社区广大群众的医疗服务工作。

民航总医院拥有许多国内外一流水平的医疗仪器设备，万元以上设备5508万多元，如拥有当时世界先进的全国第三台超高档全身螺旋CT机、国内第一SPECT、亚太地区第一台AVLOMIN16血气分析仪、同型号配置的全国第一台数字化血管减影机（DSA），被称为中国第一舱的特种高低压高度温医用两用氧舱、全国第一台LCS-3000型深度冷冻治癌机、费森尤斯血液透析机、全自动生化分析仪、彩色多普勒超生心动仪、电脑高档踏车运动试验机、肺功能仪、数字化多功能X线机（800mA）等大型先进设备。 

医院现有床位304张，职工600余人，其中各类医技人员占70％以上，拥有一支包括56名高级职称医技人员和医学博士、硕士、教授、副教授在内的具有较高医疗技术水平的专家队伍.

门诊部设有内科、外科、妇产科、儿科、急诊科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、中医科、传染科、物理诊断科、理疗科、保健科和药济、检验、放射、病理、核医学科等科以及消化内科、呼吸内科、心血管内科、肝胆外科、泌尿外科、骨科、胸脑乳腺外科等专科。

住院部设有内科、外科、妇产科、儿科、空勤干部科等病区。其中内科、外科、妇产科、儿科还设有部分二级科室及ICU\CCU监护病房。

医院还附设航空医学研究室、空勤人员健康鉴定室，专门从事民航医学的研究工作。